人類從未想過遭遇這樣的戰爭。
在登上食物鏈頂端的過程中，人類曾遭遇各種各樣強大的對手以及面臨各式各樣的危險，但是都克服過來了。
用的方法也很單純，就是數量的暴力。
如果能以一敵十，那就派一百來對付；
如果能以一抵百，那就派一千來應對；
如果能以一擋千，那就派一萬來消滅；
如果能......
總而言之，熟練掌握數量暴力的人類在漫長的戰爭中習慣了這種模式。
所以當次元之門被打開，人類第一次面對異次元軍隊時，人類的大軍取得了壓倒性的勝利。
歡呼勝利，大肆慶祝，人們觥籌交錯，渴望並規劃著在異次元的土地上獲取財富，名望。
然後，
杯具了。
異次元的世界有著跟人類社會完全不同的戰爭模式。
那就是單兵壓倒性的實力引出的摧毀能力。
單兵，一擊，葬送了聚集在一起的超過全世界百分之八十的領導人。
突然混亂起來的人類世界疲於應付著異次元單兵和小隊壓倒性的偷襲。
即便成功保護了重要的領導人和設施，付出的代價卻異常慘重，長此以往，人類世界必然會不可避免的全面崩潰。
想要集結大軍進攻異次元世界，可次元之門卻被對方關閉，次元裂縫又不定出現在哪裡。
就算運氣好抓住了次元裂縫開啟，能送過去的人數相當有限，無法發揮數量的優勢。
一籌莫展的人類世界陷入悲觀之中。
除了繼續疲於應付之外，只能將希望寄託在次元研究上，一直到魔法少女的出現。
終於擁有能跟對面單兵匹敵的力量令人們重新看到希望。
迅速的調整思路，圍繞著魔法少女建立相應的機構，配上支援部門、研究部門、參謀部門等等。
從單方面的疲於應付變成了拉鋸戰。
雖然暫時還看不到戰爭的盡頭，不過人們還是充滿了希望。
只有一點點小瑕疵，那就是能對異次元釋放到這個世界的魔素產生反應的只有年輕女性，準確的說是少女。
私立雅典娜學院，一個專門為培養魔法少女建立起來的復合機構。
除了研究、參謀、後勤、運營等由大人們負責。
整體上分為魔法科和支援科。
少女努力學習、訓練，爭取成為魔法少女，
少年努力學習、訓練，爭取支援魔法少女。
暫時，在這所學院內，只有五名魔法少女屹立於頂點。
她們是抵擋異次元世界入侵的中堅力量，象征著勇氣、智慧、希望、光明以及貞潔。
可是，
突然有一天，
一名少年，在未知原因和因素下，對魔素起了反應，成為了第六名魔法少女。